TMS, fibromiyalji gibi kronik ağrı durumlarını potansiyel olarak iyileştirebilir. Bir 2017 analizi, TMS tedavisinin motor korteksi uyararak ve ağrıda rol oynayan nöro transmitterleri kontrol ederek yardımcı olabileceğini göstermektedir.

    Depresyon ve kronik ağrının sıklıkla birlikte meydana geldiğini belirtmekte fayda var. Depresyon kronik ağrıyı kötüleştirebilir, bu nedenle TMS depresyon semptomlarını tedavi ederek yardımcı olabilir