Şizofreni, kronik ve sıklıkla şiddetli bir psikiyatrik bozukluktur. Yapılan çalışmalarda şizofreni hastalarının sol prefrontal ve temporal bölgelerinde bir kan akışı azalması olduğunu göstermektedir.  Tekrarlayan manyetik uyarımlar bu alanlardaki işlevsizliği düzeltmekte ve nöronal aktivitenin normal haline dönmesine yardımcı olmaktadır. Araştırmalar, şizofreninin negatif belirtilerine prefrontal korteksteki işlev hasarının sebep olduğunu göstermektedir. Manyetik uyarım prefrontal korteksteki dopamin dengesini düzene koyarak iyileşme sağlamaktadır.

    Şizofreni semptomlarından biri olan işitsel halüsinasyonlar hastaların yüzde 75'ini etkilemektedir.

    2019 tarihli bir incelemeye göre, temporoparietal korteksi hedeflemek ise işitsel halüsinasyonlar için faydalı olabilmektedir.