TMS, öncelikli olarak, basitçe ‘’depresyon’’ olarak adlandırılan majör depresif bozukluğu tedavi etmek için kullanılmaya başlanmıştır.

    Genellikle ilaç ve psikoterapilerden yanıt alamayan, tedaviye dirençli depresyon hastaları için önerilmektedir.

    2015’te yapılan bir araştırmaya göre, depresyon prefrontal korteksteki azalmış aktivite ile bağlantılıdır. Beynin bu kısmı, düşük enerji seviyeleri ve iştah değişiklikleri gibi depresyon belirtileri ile bağlantılıdır.

    TMS, sinir hücrelerini uyararak bu alandaki aktiviteyi artırır ve böylece depresyon semptomlarının gerilemesine yardımcı olur.